Bestuur en medezeggenschap

CSG Comenius valt onder de vereniging voor CVO in Noord-Fryslân. Onder deze vereniging vallen naast CSG Comenius ook Christelijk Gymnasium Beyers Naudé uit Leeuwarden en CSG Ulbe van Houten uit Sint Annaparochie.

Het bestuur is het bevoegd gezag van de drie scholen en bestuurt op hoofdlijnen. Ze stelt het beleid vast en houdt toezicht. Het bestuur heeft taken en bevoegdheden gemandateerd aan de directies van de scholen, wat is vastgelegd in een directiestatuut.

Er zijn door het bestuur een gemeenschappelijke medezeggenschapsraad (vier leden per school) en een medezeggenschapsraad per school ingesteld.
Op alle locaties van CSG Comenius zijn een ouderraad en een leerlingenraad actief.