Op 1 augustus 1993 fuseerden de Christelijke Technische school, de Marnixschool, de Prinses Marijkeschool, de Groen van Prinstererschool, de Tjerk Wallesschool, de Willem Frederikschool en het Lienward College. Daardoor ontstond CSG Comenius.
Per 1 augustus 2001 kreeg CSG Comenius een afdeling speciaal onderwijs: een deel van de Hoferschool (svo/lom) en van de Da Costaschool (mlk) werd aan de scholengemeenschap verbonden. Het svo/lom-deel werd gehuisvest op de Brandemeer, het mlk-deel op de Schieringerweg: het praktijkonderwijs. Momenteel volgen al deze leerlingen les op de nieuwe lokatie Zamenhof.
