De school gaat uit van de Vereniging voor Christelijk Voortgezet Onderwijs in Noord Friesland (CVO).
Naast CSG Comenius participeren het Christelijk Gymnasium Beyers Naudé en de Christelijke Scholengemeenschap Ulbe van Houten in Sint Annaparochie in deze vereniging.
De vereniging gaat bij haar werk uit van de visie van Jezus Christus, zoals die verwoord is in de Evangeliën. De vereniging vraagt van allen die bij het bestuur of het onderwijs betrokken zijn, respect voor dit uitgangspunt en de consequenties daarvan voor het onderwijs en de omgang met elkaar.
Bestuur
Voorzitter: Dhr. H. Bot
Penningmeesters: Dhr. R.W.J. Westerveld
Secretaris: Dhr. J.G. Waringa
Bestuursleden: Dhr. J.J. Kingma
Dhr. M.A. Hoekstra
Mevr. I.A.H.M. van Megen
Dhr. F. Wind
